Te leiste la docu ?¿
http://codeigniter.com/user_guide/he...ty_helper.html http://codeigniter.com/user_guide/libraries/input.html
Solo trabajo con Mysql, asi que no te sabria decir si Store procedure se "implemente" de distinta o igual manera en otros DBMS. Y eso no tiene que ver con la seguridad.
La clase Active record de CI es bastante básica(eso no le quita seguridad). Recuerda que la idea es mantenerlo simple y accesible. Para eso existen otros ORM que puedes usar tranquilamente en CI.