Hola keikos.
Lo que te ocurre es porque aunque no tengas abierto el programa (me refiero a la ventana) que está usando ese archivo, sí tienes un proceso que lo está utilizando, es decir, tener todos los programas cerrados no significa tener todos los procesos cerrados.
Una vez que hayas cerrado todos los programas haz un ctrl + alt + supr y ve eliminando (si el windows se porta bien y te deja claro está
) los procesos que se están ejecutando en el sistema uno a uno. Cada vez que cierres uno (tienes que cerrarlo por completo, es decir, tiene que desaparecer de la lista) prueba a eliminar el archivo hasta que aciertes con el proceso que lo está utilizando.
Poco a poco ya sabrás identificar el archivo que se está utilizando con el proceso que lo usa.
Espero haberte ayudado. Saludos
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