subir directorio al server??????

[areslepra]

Php se ejecuta del lado del servidor, así que no hay nada que puedas hacer del lado del cliente con php. Tendrías que ver si con JavaScript se puede hacer de alguna manera, sino me inclino porque tengas que hacer alguna aplicación del lado del cliente para que mande los archivos uno a uno a PHP.
Otra opción no se me ocurre, pero seguro algún otro tendrá una respuesta más esperada.