La opción de Manoloweb .. la suelo usar si no es muy relevante la información de esos "chekbox" .. Eso sí ... uso como separador la "," (coma). (constumbres).
Por cierto .. luego tendrás que usar explode() para lo contrarió para cuando quieras editar esos registros con esos datos o presentar esos datos ...
Si esas opciones de tu checbox son realmente importantes como que vas hacer consultas sobre esos datos de esas opciones es mejor que "normalices" tu Base de datos y uses una tabla para las opciones con otra que indique que opciones tiene relacionados con el registro en cuestión ..
Sobre "Normalización" puedes leer un artículo en:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=16
Un saludo,