Hombre .. claro que si cierras esa ventana cierras apache (Apache 1.3.x) ..
Si quieres puedes usar un "manager" de Apache como .. por ejemplo el que se indica al final de este tutorial de instalción de PHP+Apache+Msyl ..
http://www.mundodivx.com/php/php.html
Apache 2.x no sale ya en una ventana "DOS" sino q traé su propio "manager" .. Pero, para windows te recomiendo que sigas con tu Apache 1.3.x y si quieres uses ese u otro "Manager" ...
Un saludo,