Usando 
z-index que sólo funciona con objetos que tengan la propiedad 
position seteada como
 relative, 
fixed o 
absolute.    
Código CSS:
Ver original.box1 {
    position:absolute;
    width: 500px;
    height: 500px;
}
.box2 {
    position:absolute;
    width: 100%;
    height: 100%;
    background: blue;
    z-index: 1;
}
.box3 {
    position:absolute;
    width: 100%;
    height: 40px;
    margin-top: 440px;
    background: red;
    z-index: 2;
}