@juanito1712 a lo que se refería @Artificium es que cuando firmas un applet de java puedes tener acceso a funciones y archivos del cliente directamente, en cambio un applet no firmado la maquina virtual no permitirá acceder al cliente directamente por seguridad...
Si requieres de mas información aquí puedes checarlo:
Firma digital de un applet en Java
A pesar que un Applet firmado te dará mucho mas permisos no se comparará como una aplicación nativa, con la cual incluso tendrás acceso a hardware, aunque todo esto dependería muchísimo del tipo de aplicación y el tipo de problema que se supone solucionará