Lo que pasa es que le estas diciendo a #Encabezado que se ubique a 1px del borde superior y eso hace exactamente, y así sucesivamente a las demás.
Recuerda las posiciones absolutas se ubicarán de acuerdo a la caja contenedora que tengan de referencia. En este caso "CentroPagina" que es la caja que la contiene que tiene definida la posición, en este caso absoluta. Si no hubiera cajas superiores que tengan definido el position entonces se ubica de acuerdo a la pantalla, con el vertice superior izquierdo como el 0 0.
Material de lectura:
http://www.librosweb.es/css/capitulo5.html