Comprueba que estés usando una etiqueta <!DOCTYPE> adecuada en la cabecera del documento HTML. Es necesaria para que IE muestre el contenido correctamente.
Si esa no fuese la causa incluye el código HTML y CSS para poder localizar el problema.
Sería buena idea que probases a validar el código en
http://validator.w3.org/unicorn y corrigieses los posibles errores.