Te pone el pie en medio porque es la precedencia de los contenedores, uno de ellos debe de tener una altura o porcentaje definido que hace que aparezca inmediatamente después. O también puede ser un problema con los floats, etc. Pueden ser tantas cosas. Sería cosa de que lo analizaras y si no enceuntras solución, postear tu código.
Saludos!
