Como combinar PHP y Java

[Integer78]

Hola una vez más necesito de su ayuda.
Programo bien en PHP.
Nada o casi nada en Java.
El problema es el siguiente (bien resumido)
Tengo una matriz creada en PHP que almacena ciertos IDs de registros a borrar en una base de datos.
Hago unos for anidados para recorrerla e ir borrando los registros. El problema es que necesito que por cada columna de la matriz aparezca un mensaje de confirmación, para que el usuario confirme borrar los registros contenidos en esa columna. Se abrir un mensaje de confirmacion con Java, pero no se como combinar las instrucciones. Entiendo el "pequeño" problema de que un lenguaje se ejecuta del lado del servidor y el otro del lado del cliente, pero no se como puedo lograr mi objetivo. Para que me terminen de entender les pego este codigo el cual por supuesto no funciona:

<?
for($i=0;$i<=$columnas;$i++)
{
echo "<script languaje=javascript>";
echo "if(confirm('Desea eliminar toda la serie?')){";
for($j=0;$j<=$filas;$j++)
{
//instrucciones que borran de la bd
}
echo "<script languaje=javascript>";
echo "}";
echo "</script>";
}
?>

Entiendo que lo que acabo de escribir es una aberracion pero es para que entiendan la logica de lo que necesito hacer y me orienten en la forma correcta de lograrlo. Desde ya, muchas gracias.