buenas...
en realidad no tiene nada complicado. el hecho de que lo ves complicado es porque muchas de las muestras -como bien dices- estan hechos con librerias y generalmente tienen efectos. en su forma mas basica, es simple de hacer. se trata de un elemento donde escribes o muestras los avisos. ese elemento lo ubicas donde gustes con css. para mostrar el elemento -en caso de que este oculto- simplemente le cambias los valores css con javascript. para agregar el contenido, recientemente lo aprendistes, innerHTML.
Código:
// asumiendo que el elemento esta oculto con display:none;
// el valor a asignar podria depender el tipo de elemento o del resultado deseado ;
element.style.display = "block";
si quieres algo mas complejo como una ventana modal -esas que opacan el fondo- pues tendras que elaborar un poco mas el codigo, principalmente codigo css. como veras, una ventana sin efectos se puede hacer tranquilamente sin mucho javascript, solo html y css.
