Hola:
Lo más fácil es, utilizando comentarios condicionales, cambiar las dimensiones de los div's para IE, ya que el modelo de cajas de IE no es igual que FF y el resto de los navegadores. FF y Chrome siguen los estándares que indican que el ancho de un elemento será el width+border+padding+margin IE hace que el ancho de un elemento sea el width propiamente dicho incluyendo ya el border, el padding y el margin.
Dicho de otra manera:
En FF y chrome un elemento con width:50px, border-left:1px, border-right:1px, margin-left:2px, margin-right:2px, padding-left:5px y padding-right:5px dan un ancho de 66px, sin embargo el IE el ancho total del elemento serían 50px, porque todos los demás los incluye dentro del width.
Saludos.
