Lo ideal sería que te gestionases esos archivos por medio de una Base de datos .. donde guardaras esos detalles de cada archivo como estadisticas de descargas y lo que gustes .. relacionado con un campo de cada registro que contendrá la ubicación fisica o nombre del archivo que ya tienes en tu directorio ..
Por lo mismo ... podrías hacer una consulta a tu BD para obtener el total de archivos o hacer las operacíones de descarga y de dejar "visible" o no el archivo (y que fisicamente quede en tu servidor (en ese directorio) ...)
Se trataría básicamente que al hacer el "upload" .. crees un registro nuevo en tu tabla que contendrá el nombre del archivo que acabas de subir (con o sin ruta) y los otros datos iniciales del contador de descargas .. etc ..
Sistemas así ya los tienes implementados en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...le_Management/
(para que te fijes como gestionan esos datos .. Puede ser en BD (lo mas comodo) o en archivos de texto plano) .. Pero debes de guardarte en algun sitio esos datos relacionados con el nombre de ese archivo para poder consultarlos/actualizarlos (caso del contador) .. etc ..
Un saludo,