Si las comillas dobles te dan problemas .. la solución no es "quitarlas" .. sino "escaparlas" .. osese, poniendo un \ delante ...
Código PHP:
$url="<a href=\"http://tu_url.com\">www.tu_url.com</a>";
Respeta la sintax del HTML .. pese que la mayoría de navegadores (sobre todo IE) se pase por ........... el uso de las comillas en los <tag> que correspondan ...
Un saludo,