con el z-index se deberia solucionar, usease
<div style="z-index:3">Menu desplegable</div>
<div style="z-index:1">PDF iframe flash o lo que sea</div>
por lo que he entendido dentro de el iframe tienes un pdf y se te queda por encima de el menu desplegable, pues al pdf ponle menos z-index que al menu desplegable, de todas formas ajax es muuuy simple
mira este
http://www.wikun.com/Web/JavaScript/...HTML-puro.html