Existen algunos sofwares de gestión de Mysql que te permiten hacer esa taréa de "sincronizar" dos BD .. Para actualizar los datos que han sido modificados o añadidos.
Por ejemplo (para windows):
www.mysqlstudio.com www.mysqlmanager.com www.sqlyong.com
Un artículo de como usar esa funcionalidad de "sincronización" para este Administrador de Msyql:
http://www.databasejournal.com/featu...le.php/1584401
Tambien Msyql .. tiene una funcionalidad para crear réplicas de BD.. (pero aquí ya no sé si se podrá hacer en forma "remota" )
http://www.mysql.com/doc/en/Replication.html
Un saludo,