deberias incluir el path de tu aplicacion, usa la funciona
set_include_path .
Por ejemplo zend frammework usa en su archivo index.php el siguiente codigo para incluir el path de su libreria:
Código PHP:
defined('APPLICATION_PATH')
|| define('APPLICATION_PATH', realpath(dirname(__FILE__) . '/../application'));
set_include_path(implode(PATH_SEPARATOR, array(
realpath(APPLICATION_PATH . '/../library'),
get_include_path(),
)));