Te da error, porque para acceder a un fichero de tu PC hay que poner file:/// antes de la dirección y tienes que poner la barra después de C:/ no C:\.
Código HTML:
Ver original<input type="submit" id="Button1" onclick="y = window.prompt('Enter your name', 'yourname');window.open('file:///C:/'+y+'.pdf');return false;" name="" value="Submit" style="position:absolute;left:513px;top:142px;widt h:96px;height:25px;font-family:Arial;font-size:13px;z-index:0">
Aun así, no veo para que necesitas usar eso.