Para modificar un archivo Word, Access, Exell y otros formatos .. debes de usar las extensiones COM ... justamente para que lo que edites quede en el servidor ..
Lo que estas haciendo actualmente es que tu usuario se "baja" el archivo y por eso las opciones de "guardar" son en su PC (el del usuario) ..
Si quieres información sobre manejra COM:
http://www.php.net/manual/en/ref.com.php
(por cierto .. si no me equivoco .. PHP ha de correr bajo Windows para poder ejecutar las funciones COM .. revisa ese punto).
Un saludo,