Bueno, a ver, 
parece que ya tienes la consulta casi hecha, necesitas recuperar la id de la sucursal que quieres mostrar, digamos que la recuperas asi 
$varIdSucursal=$_REQUEST['id_sucursal'] 
luego en tu SELECT pones esto:   
Código PHP:
Ver original- $consulta="SELECT * FROM bodegas b INNER JOIN sucursales s ON b.id_suc = s.id_suc WHERE s.id_sucursal=".$varIdSucursal; 
lanzas la query con la consulta y ya esta