puedes asignarle un id al elemento <script>, si recuerdo bien al menos es valido en xhtml1.0 strict. de todos modos, no tiene efecto si eliminas el tag <script> desde javascript. es decir, si lo eliminas no significa que tambien elimines el codigo interpretado por javascript. de la misma forma, si un tag <script> ya tiene codigo (interno o mediante una fuente), con cambiar su contenido o fuente no realiza ningun efecto en el navegador. en tu caso, siempre debes crear nuevos elementos <script>. eso es una posibilidad. la otra alternativa que puedes usar es con XHR (aka AJAX) pero en este caso la respuesta del servidor -preferiblemente- deberia ser un json. esa respuesta luego la analizas con JSON.parse. el punto es que con XHR no requieres crear elementos <script> y agregarlos al documento. simplemente realiza la peticion y lo analizas cuando la recibas.
