Problema con 301 Redirect y mis dominios secundarios

[emprende]

Buenos días.

Tengo un problema y espero me puedan ayudar. Por temas de Posicionamiento me aconsejaron redireccionar todo el tráfico de mi web al dominio con o sin las www , para lo cual me sugirieron hacer 2 cambios, 1.- Adicionar un codigo en el archivo .htaccess y 2.-En las Herramientas de Webmasters poner como dominio preferencial "Mostrar URL como www.misitio.com"

Me dieron 2 opciones para el codigo..
codigo #1:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.misitio\.com$ [NC]
RewriteRule (.*) http://www.misitio.com/$1 [R=301,L]

codigo #2:
########## Begin - www redirect Section

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^misitio.com [NC]

RewriteRule ^(.*)$ http://www.misitio.com/$1 [L,R=301]

########## End - www redirect Section

Hasta aqui todo era felicidad..

Pero dias despues cuando escribo www.misitiosecunadrio.com en el buscador google, me aparese la direccion http://www.misitio.com/misitiosecundario.com y asi pasa con todos mis dominios secundarios vinculados al dominio principal www.misitio.com en hostgator

Lo primero que hice fue regresar al estado previo (eliminar los 2 cambios realizados), ya tengo 4 dias de haber regresado al estado previo,


Tengo que esperar mas tiempo para que regrese ala normalidad..?

Me gustaria saber si el problema fue ocasionado por el codigo ..?

Son bienvenidas algunas sugerencias..


Muchas gracias de antemano

Un saludo enorme.