Mi estimado tienes lo mejor en tus manos para convertir en linea cualquier tipo de formato el genial FFMPEG es el mejor... Mira ese programa lo puedes instalar en ambiente linux o bien hasta en windows,,, el que te acomode....
Aqui te dejo un manual..
http://www.cristalab.com/tutoriales/...y-php-c63809l/
Saludos...