Hola
Facu_bacanes !
Al ejecutar un while, todo este proceso se realiza en el hilo principal y por eso se cuelga el programa hasta que termine su ejecución.
La aplicación la estás realizando en Adobe Air, te sugiero utilizar la
clase Timer, lo que hace es abrir un hilo de ejecución por intervalos de tiempo.
Con esta vas a poder llamar a algún método cada X tiempo para hacer los respectivos cálculos de la barra de progreso.
Un saludo y suerte ! 