Hola:
Primero deberías hacer la página "navegable" sin javascript, y luego, cuando sea navegable, cancelar los eventos de navegación para añadir tus scripts...
<a href="destino.php" onclick="enlazar_con_javascript(this.href); return false">...</a>
ese return false cancala ese enlace... pero si tu función (enlazar_can_javascript()) tiene errores se aborta el código, y no cancela,; así que de todas formas enlaza...
Saludos
