bueno lo que tienes que hacer es "arreglar" tu codigo en un solo archivo, de tal manera que pueda analizar los parametros que se envian y asi llamar una u otra cosa segun sea el caso.
por ejemplo yo lo hago asi (en resumen):
en index.php
hago una funcion para mostrar por ejemplo el listado de los articulos publicados, ahora si yo quiero VER algun articulo, deberia ponerle un link con la direccion del php que me va a servir para eso, cierto? bueno pues lo hago pero en vez de llamar a otro archivo php, envio los parametros al mismo index.php, agregando una variable de control que me va a permitir saber que es lo que estoy intentando hacer...
por ejmplo un link ser veria internamente asi:
Código PHP:
echo "<a href=\"index.php?accion=ver&idart=$articulo[id]\">$articulo[nombre]</a>"
entonces si te fijas le puse una variable mas ... el accion=ver
entonces al entrar al ejecutar index.php voy a ver si existe esta variable y evaluo su valor, definiendo el flujo de mi script
por ejemplo la parte "de entrada" del index.php seria asi
Código PHP:
$op = $HTTP_GET_VARS['op'];
switch($op){
case "ver":
$id = $HTTP_GET_VARS['id'];
verArticulo($id);
break;
case "listar":
default:
listarArticulos();
break;
}
con esto ya sabes que deberias tener varias funciones dependiendo que quieras hacer, obviamente este script esta sin validaciones ni nada es solo para que lo entiendas...
bueno eso, ojala que te sirva para entender como funciona al menos.. saludos!