Hola 3dw4rd, recuerda que mysql es un servidor de bases de datos, por lo tanto debes tener instalado y corriendo el servicio para que funcione la base de datos como tal. De todas maneras estos archivos que mensionas se encuentran dentro de la carpeta data, luego existe una carpeta con el nombre de la base de datos en donde se encuentran unos archivos con extención .frm que representan las tablas (C:mysql/data/data_base/tabla.frm). Aunque te repito, no te serviran de mucho estos archivos dentro del proyecto sin instalar el servidor.
Si lo que buscar es que la base de datos sea portable, te recomiendo que enpieces a investigar sobre
HSQLDB, con este motor java si que puedes manejar bases de datos stand alone, sin necesidad de instalar un servidor. Espero haberte sido de ayuda.