No existe un programa que te haga ese tipo de fotomontajes que sea confiable y/o realmente util, basta con ver las aplicaciones de celulares y algunas webs (facebook) que lo unico que hacen es cortar caras y pegarlas en otra imagen; realmente no se ven bien.
Si quieres que se hagan montajes aceptables, tendran que hacerse a conciencia, es decir, recortar, pegar, ajustar niveles, saturacion, contraste, luces, etc.
O bien, otra opcion seria tomar la foto utilizando un fondo verde y usar despues un filtro "Chroma key", ejemplo:
Gimp + Chroma Key