Hola:
Yo suelo clonar un tag oculto
<div id="oculto">
<input type="file" name="ficheros[]" />
</div>
...
elinput = document.getElementById("oculto").getElementsByTag Name("input")[0].cloneNode(true);
... y luego se añade al formulario ...
document.forms.el_form.appendChild(elinput);
Solo queda la parte estética...
Saludos
