Me fijé en los estilos del lightbox y la imagen ya tiene z-index especificado:
Código HTML:
#lightbox{ position: absolute; left: 0; width: 100%; z-index: 100; text-align: center; line-height: 0;}
#lightbox img{ width: auto; height: auto;}
#lightbox a img{ border: none; }
#outerImageContainer{ position: relative; background-color: #fff; width: 250px; height: 250px; margin: 0 auto; }
#imageContainer{ padding: 10px; }
#loading{ position: absolute; top: 40%; left: 0%; height: 25%; width: 100%; text-align: center; line-height: 0; }
#hoverNav{ position: absolute; top: 0; left: 0; height: 100%; width: 100%; z-index: 10; }
#imageContainer>#hoverNav{ left: 0;}
#hoverNav a{ outline: none;}
#prevLink, #nextLink{ width: 49%; height: 100%; background-image: url(data:image/gif;base64,AAAA); /* Trick IE into showing hover */ display: block; }
#prevLink { left: 0; float: left;}
#nextLink { right: 0; float: right;}
#prevLink:hover, #prevLink:visited:hover { background: url(../images/prevlabel.gif) left 15% no-repeat; }
#nextLink:hover, #nextLink:visited:hover { background: url(../images/nextlabel.gif) right 15% no-repeat; }
#imageDataContainer{ font: 10px Verdana, Helvetica, sans-serif; background-color: #fff; margin: 0 auto; line-height: 1.4em; overflow: auto; width: 100% ; }
#imageData{ padding:0 10px; color: #666; }
#imageData #imageDetails{ width: 70%; float: left; text-align: left; }
#imageData #caption{ font-weight: bold; }
#imageData #numberDisplay{ display: block; clear: left; padding-bottom: 1.0em; }
#imageData #bottomNavClose{ width: 66px; float: right; padding-bottom: 0.7em; outline: none;}
#overlay{ position: absolute; top: 0; left: 0; z-index: 90; width: 100%; height: 500px; background-color: #000; }
A que le tendria que especificar el z-index? al iframe de youtube en sí? Disculpa, el css no es mi fuerte xD