Yo lo que he hecho es incluir este codigo en el header y con esto IE6 ya es cmopatible con IE9 gracuas a un JS que arregla algunos bugs.
No se si vale la pena complicare la vida con IE6
Código:
<!--[if lt IE 9]>
<script src="http://ie7-js.googlecode.com/svn/version/2.1(beta4)/IE9.js"></script>
<![endif]-->
Pruebalo y dime como lo ves.