cuando dices "borrado todo" ¿significa que te han ventilado todos los ficheros,tablas, bases de datos...?
A parte de revisar lo de las extensiones, ver los permisos de ficheros, etc.
¿qué permisos tienen tus ficheros?
¿qué hosting tienes contratado?
¿qué extensiones tienes instaladas?
¿estás restaurando copias de seguridad?
También deberás tener en cuenta otros factores. Ponte en contacto con tu Hosting para que te envíen un LOG.
Mira que no te hayan usurpado los crdenciales del alojamiento, FTP, etc. si tu Equipo está infectado, o el Equipo de quién tenga los credenciales....
Por mucho que cambies los passwords, prefijos, etc. no tiene por qué solucionarte el problema. Primero deberás saber el origen para poder poner remedio.
EDITO:
por cierto, para renombrar el prefijo de tablas creadas y no morir en el intento puedes usar este script:
http://magazine.joomla.org/topics/it...with-telephony
luego borra el fichero!!
