Cualquier herramienta CASE te puede servir para eso, porque todas pueden hacer ingeniería inversa. En el caso de MySQL yo te recomiendo usar directamente una herramienta nativa como es el
MySQL Workbench (hace esto y mucho más).
Lo que no conozco es una herramienta que pueda hacer el paso anterior, es decir, transformar tablas a
entidades del modelo lógico , porque ese paso tiene mucho de análisis humano. Hay detalles que no son inferibles matemáticamente, como son las entidades del mundo real, esto es,
qué cosa del mundo real representan esas tablas y
qué agregados se pusieron durante la transformación.
De todos modos, con algo de práctica, tu mismo puedes hacer ese paso final.