Saludos
No veo la necesidad de un if, solamente si le pasas como parámetro la llave a buscar podras obtener el resultado por ejemplo:
Código PHP:
Ver original//Registro de Usuario EA o SA
//No se el nombre de la variable como la obtienes, suponiendo de que la envías por post y se //llama registro quedaria de la siguiente manera
$varRegistro=$_POST['registro'];
$this->sql = ("select COUNT(Num_Doc)+1 as numero
from cabecera
where Cod_Doc = '$varRegistro'
order by Num_Doc desc
limit 1");
//realizas el mysql_query
//realizas el mysql fetch_array
//obtienes el valor