Respuesta:
1. Si tu documento original es RGB, InDesign NO lo cambiará a CMYK, permanecerá y seguirá siendo RGB a menos de que lo cambies directamente en Photoshop.
2. El PDF está bien, no tienes de que preocuparte por la visualización. Por default InDesign muestra imágenes vectoriales y PDFs como imágenes de baja resolución para optimizar la visualización y evitar que tu computadora se ponga "lenta". Si quieres ver la resolución normal, cambia el "Display Performance" a "High Quality Display".
Espero que esto resuelva tu problema.