Basicamente, ambos son lo mismo, las pequeñas diferencias entre cada juego de caracteres utf8 es que aplican variantes para comparar y ordenar, siendo utf8_general el que tiene mejor rendimiento y utf8_unicode el mas consistente.
La eleccion del juego de caracteres deberia basarse en lo que realmente es mas importante y de que forma podria afectar las consultas, es decir, si el rendimiento cambia drasticamente, tal vez convenga quedarse con el general o, por el contrario, si las busquedas e indices no se presentan en el orden esperado, entonces decidir por unicode.
Mas info en ingles:
http://me.in-berlin.de/doc/mysql-doc...l_Charset.html