Solucionado.
Gatorv te hice caso y revise minuciosamente la librería, a pesar de esta no tener mucha documentación, el código esta muy bien estructurado y pude ver que con tan solo setear una variable puedes generar el archivo.
Para los que necesiten trabajar códigos de barras, les recomiendo esta librería, el código que les dejo a continuación funciona, solo deben bajar de esta ruta la libreria:
http://www.barcodephp.com/en
y el codigo es el siguiente:
include('class/BCGFont.php');
include('class/BCGColor.php');
include('class/BCGDrawing.php');
include('class/BCGcode128.barcode.php');
$color_black = new BCGColor(0, 0, 0);
$color_white = new BCGColor(255, 255, 255);
$code = new BCGcode128();
$code->setThickness(40);
$code->setScale(1);
$code->setForegroundColor($color_black);
//$code->setBackgroundColor($color_white);
$code->parse('(415)9679998005853(8020)123581339002705676 (3900)649946');
$code->parse($codigo);
$drawing = new BCGDrawing('', $color_white);
$drawing->setBarcode($code);
$drawing->setFilename("png_prueba5.png");
$drawing->draw();
header('Content-Type: image/png');
$drawing->finish(BCGDrawing::IMG_FORMAT_PNG);
si comentan la linea setFilename el codigo de barras se vera por pantalla.