Como evitar accesos directo a archivos del servidor?

[MiLLeN]

El cambio de permisos con tu programa ftp podrás hacerlo.

Respecto a lo otro, para estas cosas sirve el patrón MVC, hay diferentes técnicas también, pero teniendo en cuenta que tu programación sera estructurada, se me ocurre que cuando vayas a hacer un include de esos archivos antes crees una variable check para asegurarte de que la llamada se realiza desde un script correcto, algo así.

Código PHP:

$check = true;
include_once("mi_script.php");
 

Y en tu script:

Código PHP:

if(!isset($check)){
  header('Location: mi_index.php');
  exit(0);
}