Hola,
Una pregunta, ¿como sabes que lineas se ejecutaron y cuales no? ¿Has mirado en el HTML generado a ver si estan hay los mensajes de error? Cuando haces un include() a una pagina en otro servidor, lo que pasa es que tu servidor genera una peticion HTTP al otro servidor e incluye el HTML devuelto. Lo mismo que tu navegador. Si el otro servidor no responde o tarda mucho, podria ser que tu servidor lo tomase como que devuelve un HTML vacio. Y si el script remoto trata tambien de acceder a otra web (como parece ser el tuyo), entonces añade mas tiempo.
Todo tipo de optimizacion depende del script remoto en cuestion.
Suerte.
PD: Supongo que te habras dado cuenta que no soy Cluster, espero que te haya servido la respuesta a pesar de ello.