En este if
if (file_exists("upload/" . $_FILES["file"]["name"]))
Te está diciendo ya si existe el fichero y te muestra el mensaje de que ya existe, si lo que quieres es "machacar" el antiguo archivo, elimina esta linea quedando solo:
Código PHP:
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"],
"upload/" . $_FILES["file"]["name"]);
echo "Stored in: " . "upload/" . $_FILES["file"]["name"];
Asegurate de eliminar el if completo con su { y }
Saludos.