El modulo ISAPI siempre ha dado problemas con Windows+IIS, generalmente el tipo de configuraciones de PHP en Windows se hace con el PHP en modo CGI, si te descargas el instalador de PHP en
www.php.net, automaticamente se integrara con IIS de forma totalmente transparente, ahorrate problemas y recuerda que en ambientes de produccion es mejor LAMP (Linux, Apache,Mysql,PHP) bueno total es cuestion de gustos