Hola,
Huye antes que te escuche alguien de PERL, no vaya a ser que
Los .pl estan escritos el PERL y suelen almacenarse en un directorio cgi-bin porque en el sistema operativo *nix se les hace ejecutables, aunque realmente para su ejecucion usan el interprete de PERL.
Los CGI son ejecutables normales que implementan una interfaz particular, la CGI. Como son ejecutables, pueden estar escritos en cualquier lenguaje que genere ejecutables, como es C, C++, etc.
Saludos.