podrías configurar el servidor web para que asigne un tiempo de expiración reducido (o nullo) a cada página (o por extensión)
scripts del lado del servidor también pueden manipular esos Headers HTTP
NOTA: esto te garantiza que para cada cliente nuevo no tengas ese inconveniente de caché, pero debes de esperar a que su caché local expire si es que ya an ingresado a tu sitio, o hasta que borren manualmente la caché, una vez que obtengan la nueva versión la misma expirará según lo que indiques y no tendrás dicho problema
