Hola de nuevo , gracias a tus consejos he conseguido sacar adelante esto :
Código:
package eac2_001.pkg2;
import java.util.Scanner;
/**
*
* @author Toni
*/
public class Eac2_0012 {
/**
* @param args the command line arguments
*/
public static void main(String[] args) {
Scanner datos = new Scanner(System.in);
System.out.print("Introduzca la sequencia de numeros 1,2 y 0 para terminar ");
String secuencia = datos.nextLine();
datos.nextLine();
int entradas = 0;
int salidas = 0;
int erroneos = 0;
int longitud = 0;
int cuartetos = 0;
int index = 0;
int ini = 0;
int fin = 4;
String primero ="";
String pr = secuencia;
longitud = pr.length();
cuartetos = longitud -1;
index = cuartetos /4 + 1;
while (index > 1){
primero = pr.substring(ini, fin);
ini = ini + 4;
fin = fin + 4;
index = index -1;
System.out.println("Inicio :"+ini);
System.out.println("Fin :"+fin);
System.out.println("Valor :"+primero);
int valorint=Integer.parseInt(primero.trim());
if (valorint == 1212){
entradas = entradas + 1;
System.out.println("Entrada");}
if (valorint == 2121){
salidas = salidas + 1;
System.out.println("Salida");}
if ((valorint != 2121) &&(valorint != 1212)){
erroneos = erroneos + 1;
System.out.println("Error");}
}
System.out.println("Entradas : "+entradas);
System.out.println("Salidas :"+salidas);
System.out.println("Secuencias erroneas :"+erroneos);
}
}
Si se puede mejorar algo dimelo , aunque asi funciona bastante bien.