Organizacion de archivos y directorios de un proyecto

[RaramenteNatural]

Hola! :P

Estoy algo confundido con la organizacion de los archivos y directorios de un proyecto. Se que casi siempre hay una carpeta de nombre "public" que es donde se guardan los archivos que son vistos por los usuarios (imagenes, secciones, etc) pero mi duda viene hay: Por ejemplo si tengo un archivo llamado galeria.php que es una galeria de imagenes, por ejemplo, lo tengo que guardar en la carpeta public?

Y por ejemplo el archivo subir_imagen.php que es el que procesa las imagenes que se suben desde galeria.php tendria que ir en otra carpeta que no es public?

Ah! Por ejemplo los archivos de Jquery tambien tendrian que ir dentro de la carpeta public? Por ejemplo public/js/ ?

Saludos!