Ficheros fantasma que vuelven al ser eliminados

[kusflo]

Tenemos un servidor web donde hacemos modificaciones en el código online con phpdesigner, notepad++ y de vez en cuando nos encontramos ficheros con versiones del código antiguas en los ficheros .... como si algo o alguien reemplazara los ficheros por sus versiones mas antiguas.

No tengo ni idea de donde puede venir el problema y agradecería cualquier idea.
Utilizamos los programas antes mencionados para editar y a veces el filezilla para subirlos pero solemos modificar online.

Gracias!!