Problema con directorios y url amigables

[charlyalegret]

Al trabajar en directorios "virtuales" (no se como llamarlos), para que te lea bien los archivos css y demás debes poner barra delante (para decirle ruta absoluta)

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/estilos/style.css">

Eso a parte de lo que te comenta maycolalvarez en caso que tus archivos cumpla la regla que tengas para las redirecciones.
Por otro lado, con los includes me he encontrado con problemas en caso que no estén en el mismo directorio real. Si te ocurriese, yo lo he solucionado o bien poniendo la ruta absoluta, o bien poniendo la ruta "real" (la que por ejemplo observas cuando se produce un warning o error php)

Saludos