Comprendo tu problema, es un tema que se plantea muchas veces y que (aún) no se ha resuelto.
El caso es que Flash no es estándar en absoluto y, por lo tanto, no debe suponerse que los visitantes tengan instalado el software necesario para verlo.
Los robots de Google son muy parecidos a los navegadores antiguos y no soportan ni Flash, ni Javascript.
Supongo que tarde o temprano Google empezará a procesar .swf, pero de momento no es capaz de hacerlo
