Bueno, siempre puedes subirlas "A LO BESTIA". Coge el PC, levantalo... un poco más... ¡listo!
Coñas aparte, es probable que sea el tiempo de ejecucion. Si al principio del script pones esto:
Código PHP:
ini_set('max_execution_time', 0);
Y tu servidor te deja modificar eso... lo tendrias solucionado xD